Ενημέρωση για COVID-19 από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (23/11/2020)
Η ιατρική βιβλιογραφία και οι βάσεις δεδομένων των Διεθνών Οργανισμών εμπλουτίζονται συστηματικά με πολλά άρθρα σχετικά με τον νέο κορωνοϊό (SARS-Cov-2). Καθηγητές από διάφορες Σχολές και Τμήματα του ΕΚΠΑ πραγματοποιούν περιοδική αποδελτίωση των πιο σημαντικών δημοσιεύσεων και ανακοινώσεων:
Ο ΠΟΥ προσπαθεί να διαλευκάνει την προέλευση του COVID-19: μια έρευνα με πολλές προκλήσεις
Σε πρόσφατη δημοσίευση στο περιοδικό nature ανακοινώνεται η διερεύνηση από τον ΠΟΥ της πιθανής προέλευσης του COVID-19. H βιβλιογραφία ανασκοπείται από τους Καθηγητές του ΕΚΠΑ Δημήτριο Παρασκευή (Αναπληρωτής Καθηγητής Επιδημιολογίας & Προληπτικής Ιατρικής, ΕΚΠΑ,) και Θάνο Δημόπουλο (Καθηγητής Θεραπευτικής και Πρύτανης ΕΚΠΑ).
Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (ΠΟΥ) ανακοίνωσε το πλάνο για τη διερεύνηση της προέλευσης της πανδημίας COVID-19. Η μελέτη θα ξεκινήσει στη Γουχάν – την πόλη όπου εντοπίστηκε για πρώτη φορά ο νέος κορωνοϊός – και στη συνέχεια επεκτάθηκε στην Κίνα και στην υπόλοιπη υφήλιο. Η διερεύνηση της πορείας της διασποράς του ιού είναι σημαντική για την πρόληψη τυχόν μελλοντικών μεταδόσεων από ζώα, αλλά οι επιστήμονες θεωρούν ότι ο ΠΟΥ έχει εξαιρετικά δύσκολο έργο.
Οι περισσότεροι επιστήμονες θεωρούν ότι ο ιός προήλθε από νυχτερίδες, αλλά ο ακριβής τρόπος με τον οποίο μεταπήδησε στους ανθρώπους είναι άγνωστος. Άλλοι κορωνοϊοί έχουν μεταδοθεί στον άνθρωπο μέσω ενδιάμεσου ξενιστή. Για παράδειγμα, ο ιός SARS-CoV-1 που προκάλεσε την επιδημία το 2002–04 προήλθε πιθανότατα από ρακούν ή μοσχογαλή.
«Η εύρεση ενός ζώου με λοίμωξη SARS-CoV-2 είναι σαν να ψάχνoυμε ψύλλους στα άχυρα. Μπορεί να μην βρεθεί ποτέ μια νυχτερίδα ή άλλο ζώο με τον ιό», δηλώνει η Angela Rasmussen, ιολόγος στο Columbia University της Νέας Υόρκης.
Η διερεύνηση της προέλευσης του ιού μπορεί να διαρκέσει χρόνια, και μπορεί να μην οδηγήσει πουθενά, ενώ θα πρέπει να λάβει υπόψη και τις διακρατικές σχέσεις μεταξύ της Κίνας και των ΗΠΑ. Ο Πρόεδρος των ΗΠΑ αποκαλεί τον ιό ως «τον ιό από την Κίνα, ενώ η Κινεζική κυβέρνηση προσπαθεί να αποδείξει ότι δεν είναι ιός της Κίνας», λέει η Λίνφα Γουάνγκ, ιολόγος της Ιατρικής Σχολής του Duke – National University of Singapore της Σιγκαπούρης. Το παιχνίδι πολιτικής ευθύνης ανέφερε ότι οι κρίσιμες λεπτομέρειες σχετικά με την έρευνα που διεξάγεται στην Κίνα δεν έχουν δημοσιοποιηθεί, λέει ο Wang, ο οποίος ήταν μέρος της αποστολής του ΠΟΥ που διερεύνησε την προέλευση του SARS στην Κίνα το 2003.
Η έρευνα ξεκινάει στη Γουχάν
Μια διεθνής ομάδα επιδημιολόγων, ιολόγων και ερευνητών με εμπειρία στη δημόσια υγεία, την κτηνιατρική και την υγιεινή των τροφίμων θα ηγηθεί της έρευνας του ΠΟΥ για το COVID-19.
Η αρχική έρευνα θα διεξαχθεί πιθανόν από ερευνητές που βρίσκονται ήδη στην Κίνα, και οι υπόλοιποι ερευνητές θα μεταβούν στη Κίνα αφού εξετάσουν πρώτα τα αρχικά αποτελέσματα.
Στη Γουχάν, οι ερευνητές θα διερευνήσουν προσεκτικά την αγορά νωπού κρέατος στη Huanan, που είχαν επισκεφτεί πολλοί από τα πρώτα περιστατικά COVID-19. Ο ακριβής ρόλος της συγκεκριμένης αγοράς στην εξάπλωση του ιού παραμένει άγνωστος. Οι πρώτες έρευνες έλαβαν δείγμα κατεψυγμένων ζώων που είχαν σφαγιασθεί στην αγορά, αλλά δεν βρέθηκαν ενδείξεις για SARS-CoV-2. Παρόλο αυτά, σε δείγματα από λύματα, ανιχνεύθηκε ιός. «Οι προκαταρκτικές μελέτες δεν απέφεραν αποτελέσματα που θα μπορούσαν να περιορίσουν το πεδίο της έρευνας», αναφέρει η έκθεση.
Η αποστολή του ΠΟΥ θα ερευνήσει τα άγρια και τα ζώα σε εκτροφές που πωλούνται στην αγορά, όπως αλεπούδες, ρακούν και ελάφια. Θα ερευνήσουν επίσης και άλλες αγορές στη Γουχάν, και θα εντοπίσουν την προέλευση των ζώων που διέρχονται από την Κίνα. Οι ερευνητές θα δώσουν προτεραιότητα σε ζώα που μπορεί να μολυνθούν με τον ιό, όπως οι γάτες και τα μινκ.
Η ομάδα θα εξετάσει επίσης και τα αρχεία νοσοκομείων της Γουχάν, για να διερευνήσει αν ο ιός είχε εξαπλωθεί νωρίτερα από τον Δεκέμβριο του 2019. Οι ερευνητές θα πάρουν συνέντευξη από τους πρώτους ανθρώπους που διαγνώστηκαν με COVID-19, για να εντοπίσουν που εκτέθηκαν και θα εξετάσουν δείγματα για παρουσία αντισωμάτων που συλλέχθηκαν από επαγγελματίες υγείας, τεχνικούς εργαστηρίων και αγρότες εβδομάδες και μήνες πριν από τον Δεκέμβριο του 2019.
Μακροπρόθεσμα σχέδια
Η αρχική έρευνα στη Γουχάν θα παρέχει στοιχεία για μακροπρόθεσμες μελέτες αναφορικά με την προέλευση της πανδημίας, οι οποίες θα μπορούσαν να οδηγήσουν και εκτός της Κίνας. «Η τοποθεσία που εντοπίζεται η πανδημία για πρώτη φορά δεν αντικατοπτρίζει απαραίτητα από πού ξεκίνησε», αναφέρει η έκθεση του ΠΟΥ
Αρκετοί ειδικοί θεωρούν ότι ο άμεση πηγή του SARS-CoV-2 είναι πιθανότερο να αφορά νυχτερίδες εκτός της Κίνας, λέει ο Wang. Θεωρεί ότι η ομάδα του ΠΟΥ πρέπει να ερευνήσει νυχτερίδες και άλλα άγρια ζώα σε ολόκληρη τη Νοτιοανατολική Ασία για αντισώματα έναντι του SARS-CoV-2.
Η έρευνα θα πρέπει επίσης να δώσει προτεραιότητα σε θηλαστικά που εκτρέφονται για τη γούνα τους, όπως ρακούν και μοσχογαλή, τα οποία είχαν σημαντικό ρόλο στην επιδημία του SARS το 2002. «Αποτελεί έκπληξη το γεγονός ότι δεν γίνεται αναφορά σε αυτά τα ζώα στην έκθεση και δεν έχουμε πληροφορίες από την Κίνα σχετικά με το αν αυτά τα ζώα έχουν ελεγχθεί», αναφέρει ο Martin Beer, ιολόγος στο Federal Research Institute for Animal Health του Riems της Γερμανίας
Ένας εκπρόσωπος του ΠΟΥ αναφέρει ότι η αποστολή θα καθοδηγείται από την επιστήμη, και θα διερευνήσει οποιαδήποτε πιθανή υπόθεση που θα μπορούσε να δώσει απαντήσεις ή που θα μπορούσε να περιορίσει τις πιθανότητες αναφορικά με την προέλευση του ιού.
ΣΗΜΑΝΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΓΙΑ ΤΙΣ ΑΝΑΛΥΤΙΚΕΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΤΟΥ SARS–CoV-2 ΣΤΑ ΛΥΜΑΤΑ: ΠΡΩΤΟΚΟΛΛΑ ΚΑΙ ΠΡΟΟΠΤΙΚΕΣ
Με αφορμή την εν εξελίξει πανδημία που οφείλεται στον SARS-CoV-2, μια διεπιστημονική ομάδα του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ), υπό την καθοδήγηση του Καθηγητή Αναλυτικής Χημείας Νικόλαου Θωμαΐδη, και συνσυγγραφείς τους Νικ. Αλυγιζάκη, Αθ. Μάρκου, Νικ. Ρούση, Κατ. Γαλάνη, Mαργ. Αυγέρη, Παν. Αδαμόπουλο, Ανδ. Σκορίλα, Ευ. Λιανίδου, Δημ. Παρασκευή, Σωτ. Τσιόδρα, Αθ. Τσακρή και Θάνο Δημόπουλο (Πρύτανη ΕΚΠΑ) προέβη στη βιβλιογραφική ανασκόπηση και καταγραφή των μεθοδολογιών προσδιορισμού του ιικού φορτίου στα λύματα. Το άρθρο, συνοψίζει τις υπάρχουσες μεθοδολογίες που έχουν εφαρμοστεί σε παγκόσμια κλίμακα και δημοσιεύτηκε στο διεθνούς φήμης και μεγάλης απήχησης (Impact Factor 9.8) περιοδικό Trends in Analytical Chemistry (https://doi.org/10.1016/j.trac.2020.116125). Αφορμή αποτέλεσε η καθημερινή παρακολούθηση του ιικού φορτίου του SARS-CoV-2 στα αστικά λύματα του Κέντρου Επεξεργασίας Λυμάτων (ΚΕΛ) της Ψυττάλειας (ΕΥΔΑΠ), που πραγματοποιείται από το Εργαστήριο Αναλυτικής Χημείας για την καταγραφή της διασποράς της νόσου COVID-19 στο λεκανοπέδιο Αττικής. Τα αποτελέσματα υποβάλλονται καθημερινά στη Γενική Γραμματεία Δημόσιας Υγείας και στην Επιτροπή Εμπειρογνωμόνων του Υπουργείου Υγείας.
Από την προαναφερθείσα ανασκόπηση και καταγραφή, είναι έκδηλη η ανάγκη παρακολούθησης της εξέλιξης της πανδημίας, μέσω μη παρεμβατικών και με χαμηλό κόστος εργαλείων, όπως η Επιδημιολογία Λυμάτων. Με την εφαρμογή της μεθοδολογίας αυτής, αναπτύσσεται ένα σύστημα έγκαιρης και έγκυρης προειδοποίησης που αποτελεί αρωγό των αρμόδιων αρχών στη λήψη σωστών αποφάσεων την κατάλληλη στιγμή.
Οι συνθήκες φύλαξης των δειγμάτων, τα στάδια προσυγκέντρωσης και απομόνωσης του ιικού φορτίου είναι ιδιαίτερα κρίσιμα και πρέπει να ελέγχονται με εξωγενή πρότυπα και πειράματα επικύρωσης, ώστε να πραγματοποιείται ο έλεγχος ποιότητας της μεθοδολογίας και να εξασφαλίζεται η αξιοπιστία των αποτελεσμάτων. Η ανίχνευση του ιικού φορτίου πραγματοποιείται με την τεχνική της RT-qPCR, η οποία παρέχει υψηλή ευαισθησία και απόδοση με χαμηλό κόστος. Λόγω της πολυπλοκότητας του αντικειμένου και της άμεσης ανάγκης για ευαίσθητες και αξιόπιστες μεθοδολογίες, απαιτείται περαιτέρω έρευνα για την βελτίωση των κομβικών σημείων που επηρεάζουν την ανάλυση.
Η εργασία που δημοσιεύτηκε από την διεπιστημονική ομάδα του ΕΚΠΑ, αποτελεί εφαλτήριο και προαπαιτούμενη γνώση για τις έρευνες που εκπονούνται για την ανίχνευση του SARS-CoV-2 στα λύματα. Παράλληλα, διενεργούνται σημαντικές ερευνητικές προσπάθειες σε πολλές ακαδημαϊκές μονάδες του ΕΚΠΑ.
Οι επόμενες εργασίες σχετικά με την παρουσία του SARS-CoV-2 στα λύματα αφορούν:
- Την ανάπτυξη και επικύρωση νέου μοντέλου υπολογισμού των μολύνσεων από SARS-CoV-2 στην περιφέρεια της Αττικής σε καθημερινή βάση από τα λύματα.
- Την ανάπτυξη πρωτότυπων και υπερευαίσθητων νέων μοριακών μεθοδολογιών για την ανίχνευση και αλληλούχηση του ιού SARS-CoV-2 σε αστικά λύματα και σε κλειστές δομές, οι οποίες αναμφισβήτητα αποτελούν εστίες υπερμετάδοσης (υπό το συντονισμό του Καθηγητή Κλινικής Βιοχημείας, Ανδ. Σκορίλα).
- Την ανάπτυξη μιας πολλαπλής RT-ddPCR με σκοπό την άμεση απόλυτη ποσοτικοποίηση του αριθμού των αντιγράφων του ιού σε κλινικά δείγματα χωρίς την ανάγκη εξωτερικής βαθμονόμησης (υπό το συντονισμό της Καθηγήτριας Αναλυτικής και Κλινικής Χημείας, Ε. Λιανίδου). Η droplet digital PCR (ddPCR) αποτελεί μια εξελιγμένη τεχνική ποσοτικής PCR με πολλά πλεονεκτήματα ως προς την αναλυτική ευαισθησία. Το κύριο πλεονέκτημα της αναπτυσσόμενης πολλαπλής RT-ddPCR έναντι της RT-qPCR είναι η πολύ καλή ειδικότητα, και η ακρίβεια στον ποσοτικό προσδιορισμό σε πολύ χαμηλά επίπεδα συγκεντρώσεων ιικού φορτιού.
- Την εφαρμογή μεθοδολογιών με ddPCR για την ποσοτικοποίηση των αντιγράφων του SARS-CoV-2 που βρίσκονται στα λύματα με χαμηλό ιικό φορτίου λόγω της υψηλής ευαισθησίας και ακρίβειας της.
Σύσσωμη η ερευνητική κοινότητα του ΕΚΠΑ συνεργάζεται με σκοπό να συμβάλλει στην αναχαίτιση της πανδημίας. Μέσω της διεπιστημονικής προσέγγισης, της ανταλλαγής γνώσεων και εμπειρίας των ερευνητικών ομάδων του ΕΚΠΑ και της ενδελεχούς προσπάθειας, οι εργασίες που έπονται θα συνδράμουν σημαντικά στην κατανόηση της παρούσας γνώσης και θα την τροφοδοτήσουν με νέα, ενώ παράλληλα θα προσφέρουν χρήσιμα όπλα για την πρόληψη, τον περιορισμό και την αντιμετώπιση της πανδημίας.
